این انیمه شش ماه پس از ماجرای اصلی در مانگا در جریان است ، یوگویت موتو و دوستانش در سال آخر دبیرستان هستند و در مورد آنچه که در آینده انجام خواهند...

قهرمان ما ناروتو در چاکرا ویژه ایی قرار گرفته که او را به گذشته میبرد. او خود را در شهر لران می یابد. همانطور که او با چیزهای عجیب و غریب مواجه می...

پس از سقوط به یک شکاف زمانی، یوسِی فودو (که به تازگی کارت قدرتمندش توسط یک غریبه مرموز دزدیده شده است) با جدای یوکی و یوگی موتو ملاقات می‌کند، که...

نینجاها با اصل و نسب های مختلف شروع به ناپدید شدن در تمام کشورها و سرزمین ها می شوند و همه مقصر اصلی را کشور آتش میپندارند. به دستور تسوناده، کاکاشی...

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله میکنند ...