یک شهر ایده‌آل به هرج و مرج کشیده می‌شود وقتی دو پوکمون قدرتمند، دیالگا و پالکیا، با هم روبرو شده و نبرد می‌کنند، که باعث اختلال در ابعاد زمان و فضا...

قهرمانان ما باید از شاهزاده دریا، مانافی، از شر دزد دریایی فانتوم محافظت کنند و با کمک مردم آب و جکی پوکمون رنجر، پوکمون جوان را به معبد دریا...