داستان فیلم درباره ناتان، پسری 25 ساله که دارای اوتیسم است و با خواهر معتاد خود زندگی می کند، می باشد...

در انیمیشن کوبو 2016 ، داستان در زمان چین باستان به اتفاق می افتد، جایی که پسری نوجوان به نام کوبو به همراه مادربزرگش در دهکده ی قدیمی سامورایی ها...